Esta línea se divide en tres subáreas principales: Algoritmos, Biocomputación y Ciencia de Datos.
i. Algoritmos. En esta subárea se diseñan y analizan algoritmos centralizados, paralelos y distribuidos en diversos contextos. Se abordan problemas de optimización en computación, manufactura, logística y telecomunicaciones, incluyendo el diseño de
algoritmos para el uso eficiente de recursos en ambientes estáticos y dinámicos. Además, se estudian problemas de optimización combinatoria de la clase NP-difícil, tanto en formulaciones monoobjetivo como multiobjetivo. El enfoque es tanto teórico
como experimental, e incluye el análisis y desarrollo de algoritmos exactos, de aproximación y heurísticos basados en inteligencia computacional.
ii. Biocomputación. El área de Biocomputación (o Biología Computacional) se enfoca en el diseño, análisis y aplicación de algoritmos para responder preguntas fundamentales en biología, biomedicina, bioquímica y biofísica. La investigación abarca desde soluciones
en bioinformática y quimioinformática hasta el desarrollo de nuevos modelos y metodologías para el estudio de sistemas biológicos. En los últimos años, el énfasis principal ha sido el diseño computacional de biomoléculas con potencial farmacológico
y de diagnóstico, mediante el desarrollo de algoritmos y la integración de software basado en aprendizaje de máquina y optimización inteligente.
iii. Ciencia de Datos. En esta subárea, la investigación se centra en métodos de acceso, procesamiento y aprendizaje a partir de grandes volúmenes de datos en distintos formatos: estructurados, no estructurados y multimedia. Se da especial énfasis al
procesamiento y análisis de datos unimodales y multimodales con aplicaciones en bases de datos de texto, audio, vídeo, imágenes y series de tiempo. Las aplicaciones incluyen recuperación de información, procesamiento de lenguaje natural, análisis de
movimiento, reconocimiento de actividad y comportamiento, así como el análisis de datos provenientes de la oceanografía, la astronomía y otras áreas interdisciplinarias.