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Dirección de Estudios de Posgrado

Algoritmos y Biocomputación

Actualmente casi todas las actividades de la vida cotidiana son mediadas, aumentadas, auxiliadas, producidas y controladas por dispositivos electrónicos interconectados en redes; estos dispositivos y estas redes tienen como núcleo de operación al software. El software se compone de algoritmos que necesitan ser diseñados, analizados y optimizados para resolver los nuevos desafíos, sobre todo en escala y tiempo, que esta relación dispositivos-humano-entorno está demandando.

  • Brizuela Rodríguez Carlos Alberto
  • Chávez González Edgar Leonel
  • Fernández Zepeda José Alberto
  • García Jacas César Raúl
  • López Mariscal Pedro Gilberto

  • Ricci López, J., Aguila, S., Gilson, M. K., & Brizuela Rodríguez, C. A. (2021). Improving structure-based virtual screening with ensemble docking and machine learning. Journal of Chemical Information and Modeling. doi: 10.1021/acs.jcim.1c00511. (ID: 27659)
  • Juárez Jiménez, J. A., Santos, C., & Brizuela Rodríguez, C. A. (2021). A Comprehensive Review and a Taxonomy Proposal of Team Formation Problems. ACM Computing Surveys, 54(7), 1-33. doi: 10.1145/3465399. (ID: 26925)
  • Gonzalez, M. R., Martinez Rosas, M. E., Cosío León, M. Á., Cervantes De Ávila, H., & Brizuela Rodríguez, C. A. (2021). Multiple circle detection in images: a simple evolutionary algorithm approach and a new benchmark of images. PATTERN ANALYSIS AND APPLICATIONS, 24, 1583-1603. doi: 10.1007/s10044-021-01007-6. (ID: 27661)
  • Pinacho Castellanos, S. A., García Jacas, C. R., Gilson, M. K., & Brizuela Rodríguez, C. A. (2021). Alignment-Free Antimicrobial Peptide Predictors: Improving Performance by a Thorough Analysis of the Largest Available Data Set. Journal of Chemical Information and Modeling, 61(6), 3141-3157. doi: 10.1021/acs.jcim.1c00251. (ID: 26953)
  • González Márquez, M. R., Brizuela Rodríguez, C. A., Martinez Rosas, M. E., & Cervantes de Avila, H. (2020, Noviembre). Grape Bunch Detection Using A Pixel-Wise Classification In Image Processing. 2020 IEEE International Autumn Meeting on Power, Electronics and Computing (ROPEC). Ixtapa Zihuatanejo, México (ID: 26547)
  • Martínez Pérez, I. M., Velasco Félix, Á. G., & Huerta Saqueiro, A. (2020, Septiembre). Batch processing and renewal of DNA seesaw logic circuits by orthogonally photocontrolled toehold exchange. 26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (online event). Oxford, Inglaterra (ID: 26525)
  • Nava Lara, R., Beltrán Verdugo, J. A., Brizuela Rodríguez, C. A., & Del Río, G. (2020). Relevant Features of Polypharmacologic Human-Target Antimicrobials Discovered by Machine-Learning Techniques. Pharmaceuticals, 13(9), 204. doi: 10.3390/ph13090204. (ID: 26347)
  • Flores Lamas, A., Fernández Zepeda, J. A., & Trejo Sánchez, J. A. (2020). A distributed algorithm for a maximal 2-packing set in Halin graphs. Journal of Parallel and Distributed Computing, 142, 62-76. doi: 10.1016/j.jpdc.2020.03.016. (ID: 26820)
  • Beltrán Verdugo, J. A., Del Río, G., & Brizuela Rodríguez, C. A. (2020). An automatic representation of peptides for effective antimicrobial activity classification. Computational and Structural Biotechnology Journal, 18, 455-463. doi: 10.1016/j.csbj.2020.02.002. (ID: 26350)
  • Brizuela Rodríguez, C. A., & Juárez Jiménez, J. A. (2019). Optimización Evolutiva Multi-objetivo. In Carlos A. Coello Coello (Eds.), Computación Evolutiva (pp. 177-217). Academia Mexicana de Computación. (ID: 26546)
  • Toporkov, V., Chernykh, A., & Yemelyanov, D. (2019, Septiembre). Budget and Cost-aware Resources Selection Strategy in Cloud Computing Environments. Russian Supercomputing Days 2019. Moscu, Rusia (ID: 25390)
  • Shahzadi, S., Iqbal, M., Wang, X., Ubakanma, G., Dagiuklas, T., & Chernykh, A. (2019, Agosto). Lightweight Computation to Robust Cloud Infrastructure for Future Technologies. CollaborateCom 2019 - The 15th International Conference on Collaborative Computing. London, Reino Unido (ID: 25410)
  • Valenzuela Alcaraz, V. M., Brizuela Rodríguez, C. A., Cosío León, M. Á., & Romero Ocaño, A. D. (2019, Julio). A combination of two simple decoding strategies for the no-wait job shop scheduling problem. GECCO '19: Genetic and Evolutionary Computation Conference. Praga, República Checa (ID: 25459)
  • Valle Peñuelas, J. L., Brizuela Rodríguez, C. A., Panduro Mendoza, M. A., & Reyna Maldonado, A. (2019, Julio). Reduction of the Number of Phase Shifters in Linear Phased Antenna Arrays by using Evolutionary Multi-Objective Optimization. 2019 IEEE International Symposium on Antennas and Propagation and USNC-URSI Radio Science Meeting. Atlanta, GA (ID: 25462)
  • Nava Lara, R., Aguilera Mendoza, L., Brizuela Rodríguez, C. A., Peña, A., & Del Río, G. (2019). Heterologous Machine Learning for the Identification of Antimicrobial Activity in Human-Targeted Drugs. MOLECULES, 24(1258). doi: 10.3390/molecules24071258. (ID: 25452)
  • Romero Ocaño, A. D., Brizuela Rodríguez, C. A., Valenzuela Alcaraz, V. M., & Cosío León, M. Á. (2019). Comparación de los algoritmos NSGA-II y MOEA/D en la solución del problema de rutas de vehículos eléctricos con ventanas de tiempo y estaciones de recarga. In M. López Acosta, M. Cedillo Campos, J. Velarde Cantú, A. Bueno Solano, E. Lagarda Leyva (Eds.), Gestión en la Cadena de Suministro: Aplicaciones en Latinoamérica (pp. 17-34). Pearson. (ID: 26544)
  • Chernykh, A., & Hadjali, A. (2019, Enero). Editorial: Special Issue on «Advanced Computing: from Theory to Practice». [EVENTO]. (ID: 25487)
  • Iturriaga, S., Nesmachnow , S., Goñi Bofrisco, G., Dorronsoro, B., & Chernykh, A. (2019, Enero). Soft computing methods for design and optimization of cloud-based Content Distribution Networks. [EVENTO]. (ID: 25488)
  • Radchenko, G., Alaasam, A., & Chernykh, A. (2018, Diciembre). Micro-Workflows: Kafka and Kepler Fusion to Support Digital Twins of Industrial Processes. IEEE/ACM International Conference on Utility and Cloud Computing Companion (UCC Companion 2018). Zurich, Suiza (ID: 24534)
  • Brizuela Rodríguez, C. A. (2018, Noviembre). Diseño Computacional de Proteínas: Desafíos y Oportunidades. 1er. Encuentro Multidisciplinario sobre las Enfermedades de Mayor Prevalencia en Oaxaca: Estado Actual, Retos y Perspectivas. Oaxaca de Juárez, México (ID: 24716)
  • Brizuela Rodríguez, C. A. (2018, Octubre). Prediction of protein aggregation: An overview. Symposium on Protein and Neurodegenerative Diseases. Ciudad de México, México (ID: 24714)
  • Brizuela Rodríguez, C. A. (2018, Octubre). Cómputo evolutivo en biología computacional: desafíos y oportunidades. Escuela de Cómputo Evolutivo. Guanajuato, México (ID: 24715)
  • Brizuela Rodríguez, C. A. (2018, Octubre). Companion of the NSGA II and MOEA / D for solving the Electric Fleet Size and Mix Vehicle Routing Problem with Time Windows and Recharging Stations. International Congress on Logistics & Supply Chain (CiLOG). Ciudad de México, México (ID: 24717)
  • Beltrán Verdugo, J. A., Aguilera Mendoza, L., & Brizuela Rodríguez, C. A. (2018). Optimal selection of molecular descriptors for antimicrobial peptides classification: An evolutionary feature weighting approach. BMC GENOMICS, 19(7), 672. doi: 10.1186/s12864-018-5030-1. (ID: 23884)
  • López Falcón, E. C., Miranda López, V., Chernykh, A., Babenko, M., & Avetisyan, A. (2018, Septiembre). Bi-objective Analysis of an Adaptive Secure Data Storage in a Multi-cloud. LATIN AMERICA HIGH PERFORMANCE COMPUTING CONFERENCE. Bogotá, Colombia (ID: 25424)

  • Algoritmo para encontrar el conjunto independiente fuerte máximo sobre un grafo tipo cactus
  • Optimización multiobjetivo para la planificación de transporte público aplicando técnicas metaheurísticas
  • Asignación adaptativa de recursos con conciencia energética para cargas de trabajo heterogéneas en centros de datos de tres niveles
  • Consolidación heterogénea para calendarización consciente de la energía de tareas con contención de recursos
  • Recocido simulado para la optimización de parámetros en una estrategia de ruptura para la inversión en el mercado de divisas
  • Análisis de transcriptomas para el descubrimiento de péptidos antimicrobianos
  • Evaluación y diseño de predictores de interacción miARN-proteína
  • Estrategias de optimización para la gestión de recursos en nubes basadas en contenedores
  • Sistema de almacenamiento de datos adaptativo y seguro en ambiente multi-nube
  • Análisis de la factibilidad del diseño de algoritmos auto-estabilizantes para el conjunto independiente fuerte con peso máximo en uniciclos
  • Desarrollo de una metodología para el monitoreo de cultivos de sorgo y detección en etapas tempranas de infestación por pulgón amarillo
  • Métodos para la predicción de genes de ARNnc
  • Modelos de inferencia y circuitos lógicos basados en desplazamiento de hebras de ADN
  • Modelo descriptivo basado en redes de similitud molecular para el análisis visual de un espacio químico-biológico de péptidos bioactivos
  • Problema de enrutamiento de vehículos con enfoque verde y flota mixta
  • Una propuesta de agregación de nodos basada en la integral discreta de Choquet para la clasificación de grafos utilizando RNGs
  • Desarrollo de una metodología basada en el procesamiento de imágenes para medir el nivel de infestación del pulgón amarillo en cultivos de sorgo
  • Estudio comparativo de métodos para el diseño computacional de proteínas